医院前身重庆市卫生防疫站成立于1953年，2000年根据卫生监督、疾病控制体制改革要求，撤销卫生防疫站，分别成立卫生监督所和疾病预防控制中心。重庆市疾病预防控制中心（以下简称市疾控中心）成立于2000年12月，同时挂重庆市救灾防病应急处理中心和三峡库区疾病监测中心牌子，承担着全市突发公共事件卫生应急处理、疾病预防控制和卫生检测工作任务，是重庆市疾病预防控制专业人员的进修培训中心，也是高等院校预防医学、卫生检验专业教学实习基地。
　　随着疾病预防控制工作在维护社会稳定，保障经济发展中的作用越来越突出，为适应中央关于三年内建成突发公共卫生事件应急机制和疾病预防控制体系的要求，及有利于市疾控中心履行政府疾病预防控制职能，2004年4月，重庆市委市政府决定将市疾控中心机构规格升格为副厅局级单位。升格后的中心内设机构进行调整，设职能处室6个，分别为行政办公室、党委办公室、人事处、资产管理处、科技信息处、卫生应急办公室；设专业所9个，分别为传染病预防控制所、性病艾滋病预防控制所、免疫规划所、地方病预防控制所、消毒与媒介生物控制所、慢性非传染性疾病预防控制所、公共卫生安全与检测所、理化与毒理检测所和微生物检测所。
　　近年来，市委市政府对市疾控中心的建设十分重视，每年以30%～50%的增长幅度加大投入，加强中心能力建设，中心固定资产以每年20％以上的速度增加。到2006年末，中心拥有仪器设备总价值3200多万元。
　　在市委市政府的关心支持下，中心以硬件建设为依托，加强内涵建设，履行政府职能和卫生服务的能力建设得到加强。目前中心已拥有建设项目职业危害预评价甲级资质、国家实验室认可委认可等近10项国家认可的服务资质，是西部地区拥有服务资质最多、发展势头最劲的省级疾控中心。2003年，中心25大类、666项与人们日常生活、饮食起居等健康相关的检测项目通过国家实验室认可委员会现场评审，是西部地区同类机构中率先通过国家实验室认可的疾控机构。
　　中心成立以来，出色地完成了全市各类突发公共事件卫生应急处理和疾病预防控制工作任务，特别是在非典、霍乱、人感染猪链球菌病等疫情处理和2003年开县12.23天然气井喷、2006年井漏等重大突发事件卫生应急处理中做出了显著贡献，得到市民的广泛认同和政府的充分肯定。
　　中心在履行突发事件卫生应急处理和各项疾病预防控制政府职能的同时，还为社会提供食品、食品容器及包装材料、饮水及涉水产品、预防保健用品、化妆品、消毒产品等健康相关产品、农药及卫生杀虫剂、放射性装置、建材、室内装饰材料及建筑物放射防护检测的第三方公正性检测，建筑项目职业病危害预评价及其防护效果评价、职业健康检查与职业病诊断和鉴定、公共场所集中空调通风系统卫生学评价等卫生服务工作，为重庆社会经济发展做出了应有的贡献。
　　目前中心已拥有建设项目职业危害预评价甲级资质、国家实验室认可委认可等近10项国家认可的服务资质，是西部地区拥有服务资质最多、发展势头最劲的省级疾控中心。2003年，中心25大类、666项与人们日常生活、饮食起居等健康相关的检测项目通过国家实验室认可委员会现场评审，是西部地区同类机构中率先通过国家实验室认可的疾控机构。