外科建有肝胆外科中心、微创外科中心、肛肠外科中心，组织了一支经验丰富的专家队伍，可以熟练的开展甲状腺良、恶性包块切除术、乳腺手术、胃肠手术、肝胆手术、胰脾手术、泌尿外科手术、静脉手术及骨外科手术。
　　此外，专门为协和医院全国连锁微创中心重庆站引进全新工艺水平的国际著名德国STORZ宫?腹腔镜系统，带领一批施术经验丰富的宫?腹腔镜专家，通过对中心硬件和软件两方面的建设来对患者做出“安全微创”的承诺。肛肠外科中心主打设备“HCPT等离子专利技术全电脑监控肛肠综合超微创治疗系统”是利用可控微波使痔疮基底部组织蛋白凝固原理治疗肛肠类疾病，具有疗程短，术后不需要住院等优点。