肝胆外科医院（以下简称医院）创建于1963年，其前身为西南医院肝胆外科，是国内最早建立的以肝胆胰外科疾病防治和研究为主要内容的专科医院，创始人为国际著名外科学家黄志强院士。在黄志强院士等老一辈专家的卓越领导下，经过几代人的艰苦创业，学科不断发展壮大，于1978年扩建成全军肝胆外科中心，1983年被国务院批准为国家首批博士学位授予权学科，1994年成为临床医学博士后流动站，1996年成为国家临床药理基地。90年代末随着中心学术上代际更替的顺利完成，学科建设发展走上了快车道。1999年被新兴的直辖市批准为重庆市肝胆胰外科研究所及重庆市重点学科，2000年5月，以原肝胆外科中心为基础成立了中国人民解放军西南肝胆外科医院，2000年9月，被总后勤部批准为全军肝胆外科研究所，并被确定为全军临床医学重中之重建设学科，2001年被确立为国家重点学科。医院是集医疗、科研和高层次专业人才培养为一体的国内外规模最大并享有盛誉的肝胆胰外科中心之一。
　　历经40年深入系统的临床和实验研究，由黄志强院士领导的课题组在国际上首先全面系统地阐明了肝胆管结石的发病原因和临床病理特点，并创用了一整套诊断和治疗肝胆管结石及其并发症的有效方法，如肝胆管狭窄的矫治术式、肝叶切除治疗区域性肝胆管结石、重症胆管炎诊治原则及方法、胆道大出血及胆源性门静脉高压症治疗原则和方法等等，成功地解决了肝胆管结石外科治疗中的一系列关键难题，创建了完整的肝胆管结石诊治理论和技术体系，使这一复杂疑难病症手术治疗的远期疗效优良率从过去的10%以下提高到87.1%。该项成果的理论和方法被公认为肝胆管结石诊断治疗的准则和规范，已在全球范围内普遍推广应用，为千百万肝胆管结石病患者解除了痛苦，为世界医学宝库做出了重要贡献。
　　医院作为国内高层次专业人才培养的重要基地，为国家和军队培养和造就了几代一流的肝胆外科学专业人才，成为我国肝胆外科学事业蓬勃发展的坚实基础。迄今本院已招收培养博士后4名、博士生46名、硕士75 名；并举办为期一年的全军肝胆外科训练班4期，每期招收高级研修生20余名，累计培养迸修生972余名；并主办全国全军肝胆外科学术班4届。在医师的培养方面创用了二段式培养模式，取得了为国内专家肯定的成功经验，即将住院医师的培养与硕士训练相结合、主治医师培养与博士生训练相结合;采用这一模式培养出来的医师是既有扎实的专业理论基础和科研水平，又有较强的解决临床实际问题的外科技能、医教研全面发展的高层次人才。一批批博士、硕士及专科迸修生在这里得到深造后走向全国各地，成为军内外各大医院的肝胆外科学术带头人和技术骨干，其中21名已担任院长，288名担任了科主任。国内医学界将这个人才群体誉为"肝胆黄埔军"。
　　近年来，医院先后开展了全肝血液转流下的离体肝切除术，临床肝脏移植、规则性肝段切除术治疗右肝管结石和狭窄、肝脏肿瘤射频消融治疗等肝脏外科新技术，特别是我国首例急诊肝移植暴发性肝衰竭的成功，标志着我院肝脏外科达到了国际先进和国内领先水平。在胰腺肿瘤、重症急性胰腺炎和胰管结石等复杂胰腺病的治疗上也积累了丰富的经验，取得了国内最优良的疗效，同时，在低灌流和急性胆道感染所致肝功能不全，正常及病变肝脏的再生功能和耐受缺血的安全时限、胆管癌生物学行为等应用基础研究方面，取得了一系列具有重要理论意义和实用价值的学术成果，达到了国内领先水平
　　基于"以人为本"的管理理念，医院牢牢树立"发展为重，事业优先"这面大旗，以事业凝聚人心，充分调动大家的积极性、主动性、创造性，形成了"我与学科共发展"这样一种学科发展与个人成材相结合的生动局面和良好氛围，"创新，求精，协和，奋进"的肝胆精神在肝胆人的日常工作和学习中得到充分的体现。中央电视台"新闻联播"、"十二演播室"、人民日报、解放军报、光明日报、健康报、科技日报、重庆电视台、重庆日报等新闻媒体都曾对医院学科建设作了全方位的报道。 目前，西南肝胆外科医院辖有设施完善的肝胆Ⅰ、肝胆Ⅱ和肝胆Ⅲ三个肝胆胰外科病区，病房共有163张床位，每年收治来自全国各地以及港澳地区的复杂肝胆胰病员多达4000余例，开展手术3000例次。专科诊断治疗室拥有国际一流的先进设备，其中有电子十二指肠镜、胆道镜、肝癌定向射频消融治疗仪、多功能电视腹腔镜、真彩色多普勒超声诊断仪、内镜超声诊断仪、超声手术刀、超声止血刀、液电碎石仪等先进诊疗设备。实验室规模和设备水平在国内同类专科实验室中名列前茅，面积达1200m2，建立了肝脏代谢、肝胆胰病理、肝胆免疫、分子生物学、肝脏细胞培养、动物手术等多个功能性研究室，科研设备总值500万元。专科资料室建有微机病案数据库和科研资料库。同时下设"肝胆天地"网站及国家级学术期刊《消化外科》杂志的编辑部；拥有一支具有优秀政治和业务素质、技术实力雄厚、享有重要学术地位的年轻学术梯队；是集医疗、科研和高层次专业人才培养为一体的国内外规模最大并享有盛誉的肝胆胰外科中心之一。