第三军医大学病理学研究所于2000年3月由该校病理学教研室和第一附属医院病理科组建而成，是迄今我国基础病理与临床病理相结合、为数不多的学科之一，是我国第二批博士学位授权点。本研究所拥有良好的设备条件和高素质的学术队伍，现有医学专业技术人员30名，其中教授7人、副教授3人，高级实验师1人，博士生导师4人，硕士生导师9人。
　　本所除常规的临床病理检查实验室外，拥有肿瘤实验室、分子病理实验室、创伤病理实验室、细胞培养实验室等。
　　现任所长（主任）为刘友生教授，副主任为卞修武教授、阎晓初副教授、郭乔楠教授。 
   
　　发展概况
　　研究所原病理学教研室的前身是国立中正医学院病理学系，创建时间为1936年，创建人为晏良遂教授。新中国成立后先后隶属中南军区医学院、第六军医大学、第七军医大学、第三军医大学，学科名称亦先后更改为病理解剖学教研室、训练部第二教研室和病理学教研室，承担的工作任务包括教学、科研和病理检验工作。本校第一附属医院、第三附属医院病理科原由教研室统一领导，建制归病理学教研室，以后分别于1970、1980年独立组建，成立病理科。此外，原病理学教研室1956-1965年并在原重庆市第四人民医院设立病理检验站，承担该院病理检验工作（包括外检和尸检）。
　　师资素质好、力量雄厚，现中国工程院程天民、刘彤华院士均由本所原教研室调出，第三军医大学防原病理组亦系从本所原病理学教研室抽调程天民教授等人组成，并与防原教研室一起发展为现在的全军复合伤研究所。

　　教学工作
　　研究所对教学工作非常重视，在教学中强调理论联系实际，严格要求，严格训练，并注意启发学生的独立思考。在研究生教育中，我们重视素质教育，注重基本功训练和科研能力、特别是创新能力的培养；在实验工作和论文撰写方面，都一丝不苟、严格把关。据不完全统计，本所病理学教研室暨病理科组建科室以来，完成了研究生、军医系（2年、3年、5年、7年制）、卫防系、检验系、代培班、夜校、病理检验、进修生及留学生等各种班次的大量病理学教学任务。共约1万多学时。1978年以来，共招收培养博士研究生46名、硕士研究生76名。另外，史景泉教授于1998年10月应邀赴厦门大学医学院教学；陈意生教授于1985年应邀赴江西南昌大学生物系教学、1989年应邀赴开封洛阳医专教学、1998年11月至1999年1月应邀赴厦门大学医学院教学。1986年刘友生、张建中教授应邀赴昆明军区总军院教学。本所先后主编全军军医专业统用教材《病理解剖学》1本、病理解剖学与病理生理学合编教材《病理学》1本、《病理学实习指导》1本、七年制病理学英文实习指导《Practice Guidance of Pathology》1本。此外，还与华西医科大学合作主编《病理学实习指导》、《病理学应试指南》各1本，与北京医科大学合作副主编《大学病理学》1本。1980年，由晏良遂教授指导拍摄《急性炎症》教学电影片一部，该片曾获1981年中央卫生部颁发的"优秀教学电影片"奖。由刘友生教授编导拍摄的《周围神经损伤与修复》获1990年中华医学会优秀教材奖。在历年来的教学中获校优秀教学奖1人、优秀教师3人。

　　科研工作
　　科研工作的质量是衡量一个学科水平的重要标志之一。学科的发展，新仪器和新技术的引进使我所病理学的医、教、研方面都获得了长足的发展与进步。研究所在完成大量教学和临床病理诊断工作的基础上，科室非常重视科研工作，通过全所人员坚持不懈努力和积累，已形成明确的研究方向──创伤（烧伤）病理、肿瘤病理和常见病病理。在烧伤内脏及内毒素血症病理、胶质瘤、肝癌、胃癌、大肠癌、脂肪肉瘤、平滑肌肉瘤、膀胱癌和乙型脑炎、皮下型肺吸虫病、急性恶性嗜酸性细胞浸润症及重症肝炎病理的研究中均取得了可喜的成果。其中烧伤病理和胶质瘤病理的研究居国内先进水平或领先水平。在创（烧）伤病理研究方面，先后获得国家科学基金5项、全军科研基金1项、"973"子课题1项；国家自然科学基金重大项目、重点项目分题各1项、全军"八五"、"九五"指令性重点课题分题各1项。首次系统总结了烧伤内脏病变的发生、发展规律，并证明了烧伤合并内毒素血症在多脏器损害中均产生明显协同损害效应，率先提出这一现象的发生主要与脂多糖结合蛋白的增敏效应和调节失衡有关；证明了烧伤后内毒素血症与肝功能衰竭之间存在互为因果关系；在国内首次以同位素（125I）偶联标记法成功地标记细菌内毒素，经示踪研究发现了烧伤后内毒素经肠道移位更早于细菌。近年创伤病理课题组通过分子克隆技术，获得了具有生物活性的NH-LBP，并发现其在烧伤内毒素血症防治中具有重要作用。在胶质瘤研究方面，早在1987年就提出的GFAP和波形蛋白（vimentin）两种中间丝蛋白在人脑星形细胞瘤中广泛共存并呈相反表达趋势的观点，现已被病理学界广泛接受；发现并系统证明了去甲二氢愈创木酸（NDGA）抗胶质瘤作用及其机制，提出胶质纤维酸性蛋白（GFAP）基因甲基化状态是NDGA诱导分化作用的重要靶点，发现并在国际上首先报道了NDGA抗肿瘤血管生成治疗作用。此外，在国内外最先开展单个胶质瘤细胞显微注射的方法学研究，建立了源于中国人的脑胶质瘤细胞系CHG-5、大鼠脑胶质瘤和裸鼠脑内原位移植瘤等模型。先后获九五国家重点科技计划（攻关）项目和国家自然科学基金项目共6项、重庆市和军队科研课题4项。主要论文被SCI、Medline等国际著名检索工具收录，并被美、日、德、法等近20个国家的学者索取和引用。利用上述研究成果获得了国家新药研究基金立项和资助，进一步研制出新型抗肿瘤血管生成药诺帝，证明它对体外和体内多种恶性肿瘤有治疗作用。
    研究所先后承担了包括国家自然科学基金项目和全军医学重点课题在内的各类课题共22项，资助经费150万元，抗胶质瘤作用新药的研究还得到企业100万元资助。在科技成果奖方面，获国家、军队及省部级科技进步奖共23项。其中由本所申报的有国家科技进步三等奖1项、军队科技进步二等奖5项、军队科技进步三等奖6项。与其他科室联合申报的有国家科技进步一等奖1项（史景泉教授）、国家科技进步二等奖2项（史景泉、柳凤轩教授等）、军队科技进步一等奖1项（刘友生教授）、军队科技进步二等奖6项（史景泉、柳凤轩、刘友生、陈意生教授）、重庆市科技进步二等奖1项（刘友生教授）。主编专著4本、参编专著22本。在国内外杂志发表论文共约400余篇。

　　病理检验工作
　　病理学家和临床学家一样，也有自己的临床实践，即病理检验工作，包括尸体解剖、活体组织和外科切除标本检查及临床细胞学──脱落细胞和针刺吸取细胞。这就是病理学科与医科大学其他基础医学学科有所不同之处。本所由原病理学教研室和病理科合并之后，弥补了我所原学科发展中的不足和不平衡性。我所原两科室对病理检验工作都很重视，制定了相关的各种规章制度，并积极倡导临床病理讨论会，完成了大量的临床病理诊断工作，计石蜡切片病理诊断210793例，冰冻切片病理诊断11560例，细胞学诊断 例，尸检4087例，为医院医疗质量的提高作出了重要的贡献，同时也积累了大量宝贵的资料。
　　研究所除承担全身各部位的常规活体组织和外科切除标本检查外，还成立了以柳凤轩、刘友生教授为首的第三军医大学西南病理会诊中心，接受军内外各地病理会诊。此外，我所病理科还开展了20余种特殊染色以及数十种抗体和受体的免疫组化染色，开展了多药耐药基因和肿瘤相关基因检测，开展了脏器（如肺）的大体切片及染色检查，开展了微波进行组织固定和染色等技术。应用图文报告系统进行病理报告，使病理报告规范化、形象化。